1948年與北方大學醫學院合編為華北醫科大學，1951年命名為中國人民解放軍第一軍醫大學，1959年更名為吉林醫科大學，1978年更名為白求恩醫科大學，2000年與原吉林大學、吉林工業大學，長春科技大學、長春郵電學院合并成為新的吉林大學。

合校以來，學校不斷探索和完善綜合性大學舉辦醫學教育的管理體制和運行機制。2003年成立了白求恩醫學部，2007年成立了白求恩醫學院，增加了其對三個附屬醫院教學、學生管理等工作的統籌和協調職能。2012年，學校根據教育部《關于進一步推進教育部直屬高校醫學教育管理體制改革的意見》（教直〔2012〕1號）的文件精神，進一步推進醫學教育管理體制改革，賦予了白求恩醫學部實質性的管理職能，由具有醫學背景的副校長兼任白求恩醫學部學部長，分管醫學教育工作。

學校黨委在醫學部設立了黨工委和紀工委，黨工委書記由學校黨委副書記兼任。學校對醫學教育履行統籌規劃、宏觀管理、資源投入和領導干部管理職責，學部機關設立綜合辦公室、醫院管理辦公室、人才培養辦公室、學術工作辦公室和學生工作辦公室五個管理部門，在學校統一領導下對醫學教育工作進行統籌、協調和管理。

學部下設基礎醫學院、公共衛生學院、藥學院、護理學院、臨床醫學院、口腔醫學院6個學院和第一醫院（臨床醫學院第一學院）、第二醫院（臨床醫學院第二學院）、中日聯誼醫院（臨床醫學院第三學院）、口腔醫院（口腔醫學院）4所附屬醫院，以及1個再生醫學科學研究所（依托藥學院）。

全日制普通本科專業有臨床醫學專業（五年制、5+3一體化）、口腔醫學專業（五年制、5+3一體化）、預防醫學專業、放射醫學專業、信息管理與信息系統專業（醫藥）、藥學專業、臨床藥學專業、生物工程專業、護理專業、康復治療學專業。共有在讀學生9881人，其中本科生（含四年制、五年制、5+3一體化）5185人、研究生4696人。擁有一級學科博士授權點7個，二級學科博士授權點58個，碩士授權點59個，博士后流動站6個。

現有在編職工7801人，其中教師1989人，教授583人，副教授799人；專業技術人員6299人(含附屬醫院醫療教師1534人)；聘用制人員11034人。博士生導師309人，碩士生導師1393人。中國工程院雙聘院士13人，國務院學位委員會學科評議組成員2人，海外高層次人才引進計劃入選專家6人，“萬人計劃”入選者3人，國家教學名師1人，國家“973”計劃（含重大科學研究計劃）項目首席科學家2人，教育部“長江學者獎勵計劃”入選者2人，“長江學者和創新團隊發展計劃”創新團隊3個,國家優秀青年基金獲得者2人，吉林省“長白山學者”入選13人，全國模范教師1人，國家優秀教學團隊1個，省級教學名師8人，吉林大學唐敖慶特聘教授6人。

學部緊緊圍繞國家“雙一流”的戰略決策，積極推動“人與動物共有醫學”交叉學科群的建設。現有二級學科國家重點學科1個，吉林省重中之重學科1個，吉林省優勢特色重點學科6個。據基本科學指標數據庫（ESI）公布的數據，截至2019年3月，臨床醫學、生物學與生物化學、分子生物學與遺傳學、藥理學和毒理學、免疫學5個醫學相關學科進入世界學術機構前1%。

現有國家地方聯合工程實驗室1個、教育部重點實驗室2個、衛生部重點實驗室1個、科技部國際科技合作基地1個、國家中醫藥管理局三級實驗室7個，省級科研機構143個，科研流動站16個。

現有國家級精品課4門，省級精品課16門，國家級教學成果獎4項，省部級教學成果獎86項。國家級實驗教學示范中心1個，國家級臨床教學培訓示范中心1個。

現有集醫療、教學、科研、預防、保健和康復于一體的附屬醫院4所，其中綜合醫院3所、口腔專科醫院1所，均為三級甲等醫院，綜合醫院還設有分部5個。附屬醫院總占地面積618342平方米，總建筑面積1053316平方米；床位數11800張；固定資產總價值66.31億元。設有200個臨床科室、48個醫技科室。2018年附屬醫院門診總量7606173人次，總出院病人數516943人次；手術量182966例。共有國家級臨床重點專科建設項目27個，吉林省醫療質量控制中心17個。

學部始終重視對外交流與合作，已先后同日本、加拿大、美國、英國、瑞典、香港等近30個國家和地區的院校和學術團體建立了長期的學術交流關系。在腫瘤學、婦幼衛生與計劃生育、放射醫學、地方病學等方面，醫學部與世界衛生組織、兒童基金會、國際原子能機構等國際組織有著良好的合作關系。近年來，留學生教育工作也得到快速發展，學部以國際醫學教育標準和生源國衛生執業要求為導向，積極采取多項措施，不斷提升醫學留學生教學質量。現有來自60個國家的本、碩、博及高級進修生等各層次留學生636名，是吉林大學辦學規模最大的留學生教育學部，初步建成了全方位、多層次的醫學留學生培養格局。

白求恩醫學部將依托綜合性大學優勢，著力加強人才培養、科學研究、學科建設和師資隊伍建設，提高醫療服務質量和水平，繼承和發揚白求恩優良傳統，創造吉林大學醫學事業新的輝煌。